Radanpidosta aiheutuva maaperän pilaantumisriski on suuri vanhoilla tankkauspaikoilla, polttoainesäiliöiden ja öljynerotuskaivojen lähialueilla, dieselkaluston seisontaraiteilla, kemikaalivaunujen järjestelyraiteilla ja vaihteiden ympäristössä. Myös entiset ratapölkkyjen kyllästämöalueet ja muut kemikaalien käsittelyalueet ovat riskialttiita. Mm. Mikkelissä entisellä kyllästämöalueella on selvitetty laajaa maaperän pilaantuneisuutta.
Maaperän kuntoa on selvitetty lukuisissa riskialttiissa kohteissa. Maa-alueita on puhdistettu viime vuosien aikana useissa kymmenissä kohteissa yhteistyössä liikennöitsijän, kunnossapitäjän ja ympäristöviranomaisten kanssa.
Tiealueilta löytyy myös yksittäisiä kohteita, joissa tarvitaan maaperän puhdistustoimia. Muutamissa tapauksissa viereisellä kiinteistöllä aiheutunut pilaantuminen on levinnyt myös maantien tiealueelle. Selvitys- ja kunnostusvastuu ei mene alueen hallinnan mukaan, vaan aiheuttaja/pilaaja vastaa koko pilaantumisesta ja siitä aiheutuvista puhdistustoimista.
